中国科学院自然科学史研究所（the insititute for history of natural sciences, Chinese Academy of Sciences）是中国唯一的多学科和综合性的科技史专门研究机构，是世界三大科学技术史专门研究机构之一，为国务院学位委员会确认的理学科学技术史一级学科学位授予点。

研究所前身是由中国科学院副院长竺可桢创议成立于1957年的中国自然科学史研究室，1975年扩建成为研究所。2005年，成功主办第22届国际科学史大会；同年，进入中国科学院知识创新工程三期。 1957年，开始招收科学史硕士研究生；1987年，培养出国内首位科学史博士研究生，迄今已培养博、硕士研究生300余名。

截至2016年8月，研究所设有三个研究室，1个科技史专业图书馆；有国际科学史研究院院士或通讯院士3人、国际欧亚科学院院士1人；有在编人员、项目聘用人员、在站博士后和访问学者等近百名，在学研究生近40名，具有高级专业技术职称者39人；主办有《自然科学史研究》、《中国科技史杂志》和《科学文化评论》三个核心期刊。