北京医药行业协会，2000年8月经北京市民政局批准，于2001年4月正式挂牌成立。是以北京地区医药、医疗器械工商企业、相关科研、大专院校单位为会员，依照国家有关法律法规自愿组成的自律性、非营利性的社会团体。现有会员320多家。覆盖北京市医药行业主要大、中型工商企业。协会下设中药、化药、生物制药、医疗器械、医药商业、沧州六个分会，以及丰台工作委员会和GCP专委会。其中，中药分会下设中药饮片专业委员会；医疗器械分会下设义齿专业委员会。协会坚持以服务为宗旨，以“‘三大（大医药、大服务、大民主）’、‘三建（建桥梁纽带、建平台、建家园）’‘一促进（促进行业发展）’”为理念，以“团结、创新、引领、服务”为方针，勤奋履职，获得各界好评。

2010年被北京市民政局首批评定为“5A” 级社会组织,2015年协会再次通过市民政局“5A”复评。2010年3月经北京市政府相关部门批准，协会注册成立了北京市第二十六（医药）职业技能鉴定所，成为北京市目前唯一建立在社会团体组织内的职业技能鉴定所，2013年鉴定所被北京市民政局评定为“5A”级社会组织。2010年7月，为了积极开展地区经济技术合作，推进省（市）医药行业协会间相互学习和交流，建立良好的信息沟通机制，本着平等、自愿原则，经友好协商，成立了华北、东北、海南九省市医药行业协会联盟，联盟秘书处设在北京医药行业协会。2016年，协会党支部荣获北京市社会领域“先进基层党组织”称号。