根据国家新医改要求，在“大卫生”的背景下，上海市医改方案明确提出“广泛调动社会资源，支持和发展医药卫生事业。设立上海市医药卫生发展基金会，鼓励社会对医药卫生事业捐资捐助”。2012年6月3日，经有关部门同意，上海市医药卫生发展基金会完成注册登记。

追根溯源，上海市医药卫生发展基金会前身是上海市医学卫生发展基金会，该会成立于1988年9月，当时由汪道涵同志担任基金会理事长，钱信忠任顾问，开展了一些具有影响力的公益工作。

随着医药卫生体制改革的不断深入，医改成果显著，人民群众成为最大收益者。在这过程中，国内外经济环境复杂，而人民群众的医疗卫生服务需求日渐增长。应对这些情况，除了政府发挥主导作用，保障群众基本医疗卫生服务以外，还需要大力吸引社会资源，发挥市场机制的作用，通过政府、社会、个人多渠道筹资的办法，发展医药卫生事业。因此，设立上海市医药卫生发展基金会是顺应医改新政策，转换新模式的一项重要举措。

上海市医药卫生发展基金会为公募性质，以资助医药卫生公益事业和卫生改革项目；促进基础性和转化医学研究；建立医药卫生人才培养项目；资助有医疗需求的弱势群体；开展国内外医药卫生交流等为主要发展目标。