中国区域经济学会是组织研究区域经济理论和实践问题的全国性学术团体，经民政部 (民社批 [1990]15 号文) 批准，具有全国性社会团体法人资格。学会正式成立1990年2月。

首届会长由已故的我国著名经济学家、国务院发展研究中心主任孙尚清同志担任，此后，由中国社会科学院原常务副院长王洛林教授接任会长，著名经济学家刘国光、蒋一苇、桂世镛、王梦奎、邓鸿勋、芮杏文、周叔莲、李京文等同志曾被聘请为学会顾问。中国社科院荣誉学部委员、著名区域经济学家陈栋生教授曾长期担任学会常务副会长兼秘书长。

2010年开始，中国区域经济学会改由理事会负责管理，中国社会科学院数量经济与技术经济研究所所长李平研究员担任理事长，现任的理事长、法人代表为中国社会科学院工业经济研究所原所长金碚研究员，王一鸣、孙久文、李闽榕、李海舰、陈耀、吴文庆、肖金成、张军扩、杨开忠、杨继瑞、周金堂、郝寿义、喻新安、魏后凯、李平等人担任第一届理事会副理事长，聘请中国社科院荣誉学部委员、学会原常务副会长陈栋生研究员和安徽省社科联原党组书记、学会原副会长程必定研究员担任学会顾问。学会现设有秘书处和“县域经济专业委员会”。截至2015年8月，第二届理事会共有常务理事、理事（含学会领导）114人。